Botulinumtoxin hat sich bei der Behandlung der Hyperhidrose, also des übermäßigen Schwitzens an Achseln, Händen und Füßen, als wirksam erwiesen. In den warmen Monaten fällt das Problem stärker auf, besonders an den Achseln, wo unschöne Flecken im Beruf und im Privatleben unangenehm sein können. Sind die Hände betroffen, vermeiden viele das Händeschütteln, was Beziehungen belasten kann.
Bei Betroffenen verstärkt das Schwitzen oft den Stress, der wiederum das Schwitzen verstärkt. Botulinumtoxin kann dieses Problem mit Mikroinjektionen in die betroffenen Zonen lösen. An den Achseln ist keine Betäubung nötig, da die Behandlung praktisch schmerzfrei ist; an Händen und Füßen ist eine Leitungsblockade der wichtigsten sensiblen Nerven erforderlich. Die Behandlung erfolgt in der Praxis.
Die besten Ergebnisse werden an den Achseln erzielt: Typischerweise nimmt das Schwitzen 24–48 Stunden nach den Injektionen allmählich ab, bis es praktisch verschwindet. Auch die Behandlung von Händen und Füßen bringt sehr zufriedenstellende Ergebnisse.
Die Wirkung ist vorübergehend, an den Achseln typischerweise 6–8 Monate mit individuellen Unterschieden, und die Behandlung kann wiederholt werden, wenn das Schwitzen zurückkehrt. Die Gegenanzeigen sind dieselben wie bei der ästhetischen Anwendung: schwere neurologische Erkrankungen sowie Unverträglichkeit oder Allergie gegen die Bestandteile. Komplikationen sind praktisch nicht vorhanden, abgesehen von einer möglichen vorübergehenden Abnahme der Handkraft, die sich von selbst zurückbildet. Diese Behandlung ist in der Regel teurer als die ästhetische, da eine deutlich größere Toxinmenge nötig ist.