Botulinetoxine is effectief gebleken bij de behandeling van hyperhidrose, oftewel overmatig zweten van oksels, handen en voeten. In de warme maanden valt het probleem meer op, vooral in de oksels, waar lelijke vlekken op werk en in het sociale leven voor schaamte kunnen zorgen. Als de handen getroffen zijn, vermijdt men vaak handen te schudden, wat relaties kan schaden.
Bij mensen met dit probleem verhoogt het zweten vaak de stress, en die stress verhoogt op zijn beurt het zweten. Botulinetoxine kan dit verhelpen met micro-injecties in de getroffen zones. In de oksels is geen verdoving nodig, omdat de behandeling vrijwel pijnloos is; bij handen en voeten is een blokkade van de belangrijkste gevoelszenuwen nodig. De behandeling gebeurt in de praktijk.
De beste resultaten worden bereikt in de oksels: meestal neemt het zweten 24 tot 48 uur na de injecties geleidelijk af tot het bijna verdwenen is. Ook de behandeling van handen en voeten geeft zeer bevredigende resultaten.
Het effect is tijdelijk, in de oksels meestal 6 tot 8 maanden, met persoonlijke verschillen, en de behandeling kan worden herhaald als het zweten terugkomt. De contra-indicaties zijn dezelfde als bij esthetisch gebruik: ernstige neurologische aandoeningen en overgevoeligheid of allergie voor de bestanddelen. Complicaties komen vrijwel niet voor, behalve een mogelijk tijdelijk verminderde kracht van de hand, die vanzelf herstelt. Deze behandeling kost meestal meer dan de esthetische, omdat er veel meer toxine nodig is.